同盟のリーダーである元帥は同盟メンバーをまとめ、その戦闘力を強化する方法のひとつとして同盟本部を建設できます。
同盟本部はレベルが21段階(0~20)に分かれています。建設直後の同盟本部はレベル3から始まりますが、敵同盟の攻撃によりレベル0までダウングレードされる可能性があります。同盟本部のレベルが高ければ高いほどボーナスの効果も大きくなります。
同盟本部をアップグレードするたびに同盟の支配力と支配力ボーナスがそれぞれ上昇し、同盟の技術から受けられるボーナスの上限も引き上げられます。
同盟本部を訪問できるのは正規の同盟メンバー(ブートキャンプに入っている訓練兵以外)のみです。