同盟本部移転アイテムはマップ上での同盟本部の位置を変更できる特殊なアイテムです。同盟の元帥(もしくは元帥から権限を与えられているメンバー)は同盟本部移転アイテムを使うことで同盟本部を新たな座標へと移転できます。各同盟本部は1日に1度しか移転できません。同盟本部移転アイテムはショップから購入できます。
同盟本部を移転させた場合、そこに駐留していたユニットはそのまま移転先に同行します。同盟本部で実行中だったアップグレードもそのまま続行します。同盟本部を移転させた時点で敵同盟のプレイヤーが同盟本部に対し攻撃部隊を派遣していた場合、それらのユニットは自動的に各プレイヤーの基地に帰還します。