同盟本部をアップグレードすることで同盟の技術から得られるボーナスが増加し、また、同盟の支配力も増加します。
同盟本部をアップグレードするたびに：
・支配力が増加します。
・支配力ボーナスが増加します。
・同盟の技術から得られるボーナスが増加します。
同盟が同盟本部をアップグレードするにはいくつかの条件を満たす必要があります：
1.十分な数の増築パックを所有していること。増築パックはトーナメントに参加するか、同盟本部の「情報」タブから入手できます。
2.指定されたレベルのブラックサイトを指定された数占領していること。
3.同盟ランキング内で指定された順位以内にランクインしていること。
4.指定されたレベル以上の敵同盟本部をダウングレードすること。この条件はアップグレードの各レベルにつき1回ずつ達成するだけで十分です。
敵同盟本部をダウングレードさせるには同盟メンバーがその敵同盟本部に対し攻撃を成功させる必要があります。
なお、同盟本部は1日に1回しかダウングレードできません。
もし同盟本部をアップグレード中ではない時に同盟本部に対する他の同盟からの攻撃が成功した場合、同盟本部は1レベルダウングレードされ、失われたレベルにアップグレードした時に使用した増築パックの50%が同盟に返還されます。同盟本部をアップグレードしている間に他の同盟からの攻撃が成功した場合、アップグレードは失敗し、同盟本部は1レベルダウングレードされます。アップグレードを試みた時に消費された増築パックの75%、および、失われたレベルにアップグレードした時に使用した増築パックの50%が同盟に返還されます。同盟の技術をアップグレードしている間に同盟本部がダウングレードされた場合、アップグレードはそのまま続行され、中断されることはありません。
マイルストーンレベル
同盟本部の効果を維持するにはマイルストーンレベルが鍵となります。同盟本部をマイルストーンレベル以上にアップグレードすれば、それ未満にダウングレードされることはなくなります。