ゲーム中でのユニットの使用方法はいくつもあります。軍事行動は攻撃、防御、偵察の3つに分類できます。
参加できる戦闘を見つける方法は3つあります。1つめは画面左側の赤い照準型アイコンをタップして「特殊作戦」画面を開きます。そこから、作戦（特殊作戦もしくは対スカル作戦）を選択します。
2つめはマップ画面上で軍事目標（他のプレイヤーの基地、資源貯蔵庫、ブラックサイトおよび同盟本部）をみつけてタップすることです。最後のオプションは「グローバル目標」画面でマップを確認します。あとは表示されたリストから目標を選ぶだけです。
同時に派遣できる戦闘部隊、偵察部隊、補給ドローンの数には上限があります。技術「派遣上限」をアップグレードすれば上限を引き上げることができます。
特殊作戦は定期的に追加され、「特殊作戦」画面に表示されます。特殊作戦には2種類あり、攻撃作戦ではフェニックス社の部隊に対して攻撃をしかけ、防衛作戦ではWSOの重要な提携先をフェニックス社の攻撃から防衛することになります。
特殊作戦は難易度を表すレベルが設定されています。各作戦で敵を全滅させると作戦一覧から消えます。
特殊作戦に挑戦して敵を倒し切れなかった場合、その作戦は完了するまで一覧に残ります。各作戦の人物アイコンの左に表示されるゲージが敵戦力の残り具合の目安になります。
一覧内で最もレベルが高い特殊作戦を達成すると、より高いレベルの特殊作戦が代わりに追加されます。ただし、このような特殊作戦のレベルアップは最大で1日に12回までしか行えません。
24時間ごとに「特殊作戦」画面から最大で特殊作戦60件（攻撃作戦30件＆防衛作戦30件）を受けることができます。もっと特殊作戦に挑戦したい場合は、時間が経つのを待つか、ショップから特殊作戦追加要請を購入して使用してください。