ストーンハートユニットは、ストーンハート城をアンロックし、ストーンハートタワーを設置すると入手可能となる特殊ユニットです。ストーンハートの通常ユニットには、「ワルキューレ（歩兵）」、「騎士（騎兵）」、「魔道士（魔術）」、「ドレイク（妖獣）」の4ユニットがあります。また、伝説のストーンハートユニットには、「ドワーフドーンウォーカー（防御型）」と「ウイッチブレイドデーモン（攻撃型）」の2種類が存在します。
ストーンハートの通常ユニットは、攻撃戦および防御戦で高い威力を発揮し、非ストーンハートユニットとの戦闘では、20%の能力強化ボーナスが付与されます。初期能力値は攻撃および防御とも同じに設定されていますが、各ユニットタイプに関連する「技術」を解明することで、戦略に応じて攻撃能力や防御能力を変えることができます。
伝説のストーンハートユニットは、非ストーンハートユニットおよび非ストーンハートの伝説ユニットが編成された敵部隊との戦闘で、20%の能力強化ボーナスが付与されます。また、他のストーンハートユニットと共に戦うことで、攻撃力と防御力が大幅に強化されます。これらユニットは訓練することはできませんが、スペシャルオファーで入手できます。
ストーンハートの通常ユニットは、ストーンハートタワーで訓練可能です。ただし、訓練を始めるには、まず各ユニットのストーンハート技術を解明しなくてはなりません。また、訓練にはアダマンチンとソウルストーンが必要です。なお、各種ユニットは「ストーンハート試練」と「ストーンハート英雄伝の試練」のクリア報酬として入手することも可能です。
彼らの訓練は、通常の「短縮」アイテムを使うほか、サファイアを消費することでスピードアップできます。
また、戦いでストーンハートユニットを失ったとしても、その一部を治療所または闇市場の「癒やし手」タブで復活させることができます。
サファイアで復活できるユニットの割合は、各ユニットの「復活率」技術と治療所のレベルで決まります。また、城の防衛時に失ったストーンハートユニットの一部を、資源を消費することなく復活させることもでき、治療所の「ストーンハート」タブ ＞ 「無料復活」で確認可能です。
なお、伝説のストーンハートユニットも治療所の「ストーンハート」タブに表示されますが、彼らの復活割合が、「復活率」技術のレベルで変わることはありません。