ブラックサイトはマップ上の特殊な拠点で、強化剤の入手元であるためとりわけ重要な地点となっています。ブラックサイトを占領した同盟は強化剤を得られるのに加え、マップ上の領域を支配することができます。これを元に支配力が算出され、同盟ランキングでの順位決定に加味されます。
ブラックサイトはまず占領する必要がありますが、一度占領すると他の同盟およびフェニックス社がそのブラックサイトを狙って攻撃をしかけてくるようになります。そのため、占領したブラックサイトには強力な防衛部隊を配置しておくべきでしょう。
同盟が占領中のブラックサイトは同盟センターから確認できます。特定のブラックサイトを選択すると以下のタブが表示されます：
・情報：ブラックサイトに関する基本情報を確認したりノードをアップグレードしたりできます。
・駐留部隊：ブラックサイトに駐留している全ユニットを確認できます。
・強化：強化剤を使ってユニットを強化できます。
・強化剤移送：強化剤を別のブラックサイトに移送できます。
・履歴：そのブラックサイトでの強化剤や資源の移送状況を確認できます。