戦闘の勝敗は戦う両軍の総合的な戦力によって決まります。
攻撃力、防御力に影響する要素には以下のようなものがあります：
・戦闘に参加するユニットの数
・ユニットに適用されるボーナス（ナノチップ、攻撃力／防御力ブースト、ヒーローの装備品など）
・基地での戦闘の場合、防衛側の基地の防御ボーナス、および防御陣地系周辺施設のレベル
・他のプレイヤーから派遣されている援軍
・同盟本部および同盟の技術によるボーナス
他にも戦う両軍の戦闘力に影響する要素が複数あるため、予想外の勝敗になることもあります。
なお、戦闘のコツは公式フォーラムでプレイヤー同士が情報交換や議論をしていますので、ご参考になるかもしれません。